Pascasarjana UNEJ merupakan bagian tidak terpisahkan dari Universitas Jember, dan dilahirkan di saat-saat UNEJ mengembangkan jatidirinya menuju universitas yang berkualitas dan berbasis riset (teaching cum research university). Program Pascasarjana UNEJ mulai dilaksanakan pada tahun kuliah 1999, terbatas pada dua prodi S2, yaitu Prodi Magister Manajemen dan Prodi Magister Agronomi. Baru pada tahun 2000, berdasarkan Keputusan Rektor Nomor KPTS/7539/J25/KP/2000 tanggal 5 Desember 2000 didirikan Program Pascasarjana Universitas Jember, yang untuk pertama kalinya mengelola 3 (tiga) prodi, yaitu dua prodi pertama di atas, ditambah dengan Prodi Magister Administrasi Publik. Dalam perjalanannya, berbagai prodi pascasarjana tumbuh berkembang, baik prodi magister (S-2) maupun prodi doktor (S-3).

Pada tahun 2010, melalui Peraturan Rektor UNEJ nomor 510/H.25/PS.8/2010 tertanggal 21 Januari 2010 dilakukan Penataan Program Pascasarjana UNEJ, yang pada intinya menugaskan proses pembelajaran mahasiswa pascasarjana kepada masing-masing fakultas dimana prodi berada. Sementara itu, institusi Program Pascasarjana bertugas sebagai lembaga pelaksana koordinasi administrasi mahasiswa sejak seleksi hingga kelulusannya, mengembangkan kerjasama antar institusi dan melaksanakan pengawasan dan penjaminan mutu proses belajar mengajar untuk menjamin kualitas lulusan. Selanjutnya, pada tahun 2013, melalui Keputusan Rektor Nomor 10217/UN25/SP/2013 tertanggal 5 September 2013 diterbitkan Pelaksanaan Peraturan tentang penataan program pascasarjana, yang pada intinya mempertegas tugas dan fungsi Program Pascasarjana di atas.

Pada tahun 2015, Pascasarjana UNEJ, diberi kepercayaan melalui Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomer 103/KPT/I/2015 untuk mengelola Program Studi Magister (multidisplin) Bioteknologi. Dengan semakin berkembangnya bidang bioteknologi dan permintaan ahli bioteknologi yang lebih berkualitas, maka UNEJ mengajukan pendirian Program Studi Doktor Bioteknologi dan pada tahun 2022  berdasarkan izin pendirian berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi RI No. 368/E/0/2022,  PS Doktor Bioteknologi mempunyai cakupan bidang ilmu diantaranya Bioteknologi Pertanian dan Bioteknologi Kesehatan. Kedua bidang tersebut tertuang dalam minat pengembangan bidang ilmu. Dalam pelaksanaan proses belajar mengajar dan pengembangan ilmu, PS Doktor Bioteknologi diperkuat dengan dibentuknya Research Group berdasarkan dua minat Bioteknologi Pertanian dan kesehatan didukung dengan fasilitas laboratorium modern yang ada pada Center for Development of Advanced Sciences dan Technology (CDAST), Research Hub. dan  Pusat Unggulan IPTEK Bioteknologi Tanaman Industri (PUI-PT BioTIn).  PS Doktor Bioteknologi sebagai prodi multidisiplin model riset (by Research) dengan kurikulum yang mampu mengakomodasi perkuliahan dapat berjalan lancar.